MEME KANSERİ HASTALARINDA NF KAPPA B İNHİBİTOR ALPHA GENİ POLİMORFİZMLERİNİN BfaI ENZİM KESİMİ İLE ARAŞTIRILMASI

Abstract

1. Giriş NF-ĸB proliferasyon, farklılaşma, apoptoz ve metastazda rol alan pek çok genin ekspresyonlarının düzenlenmesinde rol oynayan bir transkripsiyon faktörüdür. NF-ĸB, IĸB inhibitör proteinleri ile etkileşerek gen ekspresyonunu düzenler. Meme kanserine sahip farklı popülasyonların genotipleri arasında bir takım değişiklikler olabilmektedir. Yapılan bir çalışmada Kafkasya popülasyonunda NFKB1 ve NFKBIA polimorfizmleri sporadik meme kanseri için incelenmiş ve meme kanseri ile ilişkili olmadığı görülmüştür. Bu araştırma ile NFKBIA polimorfizminin meme kanseriyle araştırıldığı tek çalışma olup HaeIII enzim kesimi uygulanmış ve sonuç itibariyle NFKB1 ve NFKBIA’nın sporodik meme kanseri yatkınlığında önemli bir rol oynamadığı sonucuna ulaşılmıştır. Bu çalışmada ise NFKBIA geninde SNP’lerin meme kanserinde ilk kez NFKBIA-826 C/T polimorfizminin BfaI enzim kesimiyle incelenmesi amaçlanmıştır. 2. Gereçler ve Yöntemler: Çalışmaya dahil edilen hastalar Bağcılar Araştırma ve Uygulama Hastanesi Patoloji Anabilim Dalı’ndan meme kanseri tanısı alan, yüksek riskli olarak kabul edilen tümör boyutu ≥ 2 cm. olan ve/veya lenf metastazı ve/veya uzak metastazı ve/veya yaşı 40 yaş altı olan primer meme kanserli hastalardır. (Bağcılar Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Girişimsel Olmayan Araştırmalar Etik Kurulu, Etik Kurul Karar Numarası: 2012/37). Örnekler parafinle gömülü olarak laboratuvarımıza ulaşmış olup ilk aşamada deparafinizasyon işlemi yapıldı. Deparafinize edilen dokulardan DNA izolasyonları gerçekleştirildi. Elde edilen DNA’lar NFKBIA-826 C/T polimorfizmine spesifik primerler aracılı PCR reaksiyonu ile amplifiye edildi. PCR ürünleri BfaI enzimiyle RFLP yöntemine uygun olarak kesildi. Daha sonra %3’lük agaroz jelde 90V da 1: 30 saat yürütüldü. 3. Bulgular: Normal ve tümörlü dokular, marker ve kontrol grupları ile birlikte jele yüklendi.(Marker: 50 bç). Sonuçlar UV ışık altında incelenerek jel dökümentasyon sistemi ile değerlendirildi. NFKBIA geninin PCR amplifikasyonu ile 200 bç'lik boyutunda bir fragman üretildi. BfaI enzim kesimiyle yapılan 23 örnekten 22’si (%95.6) polimorfizm ile ilişkili görülmezken, 1 (%4.4) örnek NFKBIA-826 C/T polimorfizmi ile ilişkili olarak bulumdu. Sonuç ve Tartışma Belirlediğimiz amaç doğrultusunda literatürde ilk kez meme kanserinde NFKBIA826 C/T polimorfizmi BfaI enzim kesimi ile araştırılmıştır. BfaI enzim kesiminde 22 örnekte kesim olmaması homozigot(200bp) alel ile ilişkiliyken, 1 örnekte görülen kesim heterozigot allelle(180bp+20bp) ilişkili olarak bulunmuştur. Elde edilen bu sonuçlardan yola çıkarak polimorfik genotipin meme kanseri riski ile ilişkili olduğu söylenebilmektedir. Bu anlamda bu çalışmanın literatüre özgün bir katkısı söz konusudur.