Schizosaccharomyces pombe’de SPBC409.08 ve SPAC9.02c genlerinin karakterizasyonu

Abstract

Poliaminler, hücre döngüsünün kontrolünde ve çevresel streslere karşı hücresel cevabın oluşturulmasında önemli rollerinin olduğu bilinen moleküllerdir. Poliaminlerden spermin ve spermidinin, DNA'ya bağlanabildikleri ve dışarıdan hücreye eklendiklerinde transkriptomu değiştirebildikleri bilinmektedir. Hücrede poliamin mekanizması ve modifikasyonu, poliamin taşıyıcı proteinler ve poliamin asetiltransferazlar gibi çok sayıda proteinin birlikte çalışması ile düzenlenmektedir. Bu çalışmada, Schizosaccharomyces pombe’ de dizi benzerlikleri ile spermin ailesi taşıyıcı ve poliamin N-asetiltransferaz oldukları düşünülen ancak deneysel karakterizasyonu yapılmamış olan SPBC409.08 ve SPAC9.02c genlerinin karakterizasyonu hedeflenmiş ve bu genlerin hücre döngüsü ile strese cevap oluşturmadaki potansiyel rolleri ortaya çıkartılmıştır. Deneylerde yabanıl tip h- ve h+ S. pombe kullanılarak, SPBC409.08 ve SPAC9.02c genlerinin delesyon mutantları Bahler vd. (1998) yöntemi ile oluşturulmuştur. Delesyon aşaması, koloni PCR yöntemi ile doğrulanmıştır. Mutantlar üzerinde UV ve osmotik strese karşı hassasiyet ve hücre döngüsü analizleri yapılmıştır. Bu genlerin hücre döngüsündeki rollerini anlamak için; hücrelerin büyüme grafiği, hücre boyu analizleri, morfolojik analizler, sporlanma testleri ile mitoz ve mayoz bölünme gözlemlenmiştir. Normal hücreler ile mutantların, hücre döngüsü ve strese cevap profilleri karşılaştırılarak analizleri yapılmıştır. Bu çalışma ile ilk kez S. pombe’de SPBC409.08 ve SPAC9.02c genlerinin deneysel karakterizasyonu yapılmıştır.

Polyamines are molecules known to have important roles in control of the cell cycle and in fighting against stress in the cell. Of polyamines spermine and spermidine are known to bind DNA and change transciptome when they are added to the cell extrinsically. In the cell, the mechanism and modification of polyamine is regulated by cooperation of many proteins; for example polyamine carrier proteins and polyamine acetyltransferases. In this study, we aimed to discover the potential roles of SPBC409.08 and SPAC9.02c genes in the cell cycle and stress response in Schizosaccharomyces pombe. These genes are thought to be spermine family transporters and polyamine N- acetyltransferases due to similarity of sequences and their experimental characterization have not been carried out before. In the experiments wild type h- and h+ S. pombe were used. Deletion mutants of SPBC409.08 and SPAC9.02c genes were generated by Bahler method (Bahler, et al., 1998). Deletion was verified by colony PCR method. In next step, the cell cycle analysis and analysis of sensibility to stress were carried out on those mutants. The growth chart, cell size analysis, morphologic analysis, sporulation tests, mitosis and meiosis were observed to understand roles of the genes in the cell cycle. Moreover, the cells were exposed to different stress conditions and the potential roles in response to stress were examined. Osmotic stress and DNA damage were some of stress conditions carried out to the cells. The first step in characterized of genes is to achieve deletion of those genes in S. pombe. This is the first report about characterization of SPBC409.08 and SPAC9.02c genes in S. pombe.