Rodent Türlerinde Bağırsak Mikrobiyotası'nın Moleküler Tanımlama Teknikleri ile Belirlenecek Hayvanlarda Ekolojik ve Tıbbi Özelliklerin Araştırılması

Abstract

Memeliler yaşamları boyunca mikrobiyota olarak adlandırılan çeşitli mikroorganizmalar ile simbiyotik bir ilişki içerisindedir. Bağırsak mikrobiyotasının gelişimi, diyet ve yaşam tarzı dâhil olmak üzere konak ve çevresel faktörler arasındaki karmaşık bir etkileşimle düzenlenir. Bu çalışmada kentsel ve kırsal olmak üzere farklı ekolojik çevrelerde yaşayan memelilerin bağırsak mikrobiyotasındaki değişimlerin detaylı olarak aydınlatılması amaçlanmıştır. Amaçlarımız doğrultusunda, Bilecik ilinin kentsel ve kırsal alanlarından yakalanan Rattus rattus türüne ait yabanıl ve laboratuvar ratlarının bağırsak mikrobiyotasındaki tüm taksonomik değişimler 16S rRNA yeni nesil dizileme tekniği ile karşılaştırmalı olarak incelenmiştir. Sonuç olarak 3 farklı yaşam alanından alınan bağırsak mikrobiyotasında yaklaşık 2000 farklı bakteri türü tanımlanmıştır. Tüm bakteri türlerinde hesaplanan Shannon ve Simpsons değerlerine göre laboratuar ratları en yüksek tür çeşitliliği göstermiştir. Mikrobiyota profillerinin benzerlikleri pCoA tekniği ile karşılaştırıldığında mikrobiyotayı oluşturan türlere ait bakteri popülasyonları farklı habitatlarda değişkenlik sergilemiştir. Gruplar arasındaki tür zenginliği tür seyreltme tekniği ile karşılaştırıldığında ise kırsal yaşam alanı başta olmak üzere tüm yabanıl ratlardaki toplam farklı tür sayısı laboratuar ratlarına göre daha yüksek bulunmuştur. Besin çeşidinin artması mikrobiyotada tür zenginliğinin artmasına neden olurken tür çeşitliliği diğer ekolojik faktörlerin etkisiyle azalmaktadır. Ayrıca filogenetik ilişkiler üzerinde durulmuş bu amaçla N.xanthodon (2n=60,54), Mus musculus türleri arasındaki mikrobiyotadaki farklılar tespit edilmiştir. Son olarak ratlarda bağırsak mikrobiyotasının kolorektal kansere yatkınlık üzerindeki etkisini belirlemek üzere; Pten/Mtor/Akt sinyal yolağındaki gen ekspresyon seviyeleri araştırılmış ve Pten gen ekspresyon seviyesinin kırsal yaşam alanından alınan ratlarda yukarı regülasyonu ile açıklanmıştır.