Ülkemiz Tütün Üretim Alanlarında Cucumber mosaic virus (CMV) Enfeksiyonunun Belirlenmesi ve Türk CMV izolatlarının Popülasyon Yapısı

Abstract

Cucumber mosaic virus (CMV) bitki virüs hastalıkları arasında muhtemelen en fazla konukçu genişliğine sahip bir viral hastalık etmenidir. CMV enfeksiyonu Türkiye’de birçok farklı bitki türünde tespit edilmiştir. Etmenin Türkiye’deki konukçu aralığı oldukça fazla olmasına rağmen, Türkiye tütün üretim alanlarının çok büyük bir kısmını oluşturan Marmara ve Ege Bölgeleri tütün üretim alanlarındaki enfeksiyonu ve Türk CMV izolatlarının popülasyon yapıları ile ilgili yapılmış detaylı bir çalışma bulunmamaktadır. Bu çalışma kapsamında belirtilen alanlardan 300 simptomatik tütün bitkisi toplanmış ve 12 tanesinin CMV ile enfekteli olduğu belirlenmiştir. Bu sonuçla CMV’nin tütün üretim alanlarında ana viral patojen olmadığı görülmüştür. Türk CMV izolatlarının moleküler karakterizasyonu amacı ile yürütülen sekans ve biyoinformatik analizler sonucunda izolatların birbirleri ile nükleotit ve aminoasit düzeyinde %91-100 arasında benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. Filogenetik analizler ile Türk CMV izolatlarının Ia ve Ib olmak üzere iki altgruba dağılım gösterdiği görülmüştür. Bu altgruplardan Ib’de bulunan CMV izolatlarının Ia’ya göre genetik açıdan oldukça polimorfik olduğu belirlenmiştir. Ayrıca konukçu ve coğrafik orijinin Türk CMV izolatlarının filogenetik ilişkilerinde rol oynamadığı belirlenmiştir.

Cucumber mosaic virus (CMV) is most likely the plant virus species with the broadest host range. In Turkey, different plant species have been identified to be affected by CMV. Although the host range of the agent is relatively common in Turkey, there are no thorough investigations on the infection and population structure of Turkish CMV isolates infecting tobacco plants in the Marmara and Aegean regions, which constitute a significant portion of Turkey's tobacco production areas. 300 symptomatic tobacco plants from the targeted locations were collected for this purpose, and 12 of them were found positive for CMV infection. This result indicates that CMV is not the predominant viral pathogen in tobacco-producing areas. The sequencing and bioinformatic analysis carried out for the isolates revealed nucleotide and amino acid similarity between 91 and 100% for Turkish CMV isolates. Phylogenetic analysis showed that Turkish CMV isolates were divided into two subgroups, Ia and Ib. It has been revealed that CMV isolates from one of these subgroups, Ib, are significantly more genetically polymorphic than those from Ia. Furthermore, it was found that neither the origin of the host nor the location had any effect on the phylogenetic relationships of Turkish CMV isolates.