Humulus lupulus Şerbetçi otu Rizosfer Toprağından İzole Edilen Farklı Aktinomisetlerin Moleküler Tiplendirilmeleri

Abstract

Giriş: Rizosfer toprağı, farklı aktinomiset grubu organizmaların bol olarak bulunduğu habitatlardan bindir. Humuhushupulus (Serbetçi otu) endüstriyel kullanımı olan bir bitki türü olup rizosfer toprağından yapılacak izolasyon çalışmaları sonucunda endüstriyel öneme sahip olabilecek olası yeni türlerin eldesi beklenmektedir. Gereçler ve Yöntemler Rizosfer toprağından yapılan izolasyon için farklı izolasyon teknikleri kullanılmıştır. Bu teknikler, farklı sükroz gradientlerini içeren santrifigasyon yöntemi, 1.5% fenol uygulaması, 100°C'e ısı uygulaması ve konvensiyonel yöntemlerdir. Dekontaminasyon işlemi uygulanan örneklerden 200 ul alınarak antibiyotik ilaveli HV agar, ISP4, glukoz yeast ekstrakt malt ekstrakt agar ve tripton yeast ekstrakt agar yüzeyine aktarılmış, petriler 14-21 gün 30°C'de inkübasyona bırakılmıştır. 27f ve 1525r primerleri kullanılarak elde edilen PCR ürünlerinin 16S rRNA dizi analizleri için 5 farklı primer kullanılmıştır. Bulgular: Farklı izolasyon teknikleri ile elde edilen 68 izolatın antimikrobiyal etkinlikleri 2 gram negatif ve 2 gram pozitif bakteri türü kullanılarak belirlenmiştir. Antimikrobiyal etkinliğe sahip olan ve farklı morfolojik özellik gösteren organizmaların 16S rRNA nükleotit dizileri, Makrogen firmasından hizmet alım yapılarak elde edilmiştir. Birleştirilen diziler en yakın tip örnekleri ile hizalanmış ve sonrasında filogenetik ağaçlar farklı algoritmalar kullanılarak oluşturulmuştur. Analizler sonucunda izolatların Micromonospora, Actinomadura ve Streptomyces cinslerine ait üyeler olduğu belirlenmiştir. Sonuç ve Tartışma: Elde edilen 68 izolatın yapılan antimikrobiyal aktivite testleri sonucunda dikkate değer etkinliğe (>15 mm) sahip olan tüm izolatların Streptomyces cinsine ait olduğu tespit edilmiştir. Literatürde de en önemli antibiyotik üreticisinin Streptomyces türleri olması açısından bu organizma grubuyla daha detaylı çalışmaların yapılmasının gerekliliği açıktır. Yüksek nükleotit farklılığına sahip olan mikroorganizmaların kemotaksonomik, genetik özellikler ve DNA-DNA homoloji çalışmalarının yapılarak literatüre kazandırılması hedeflenmektedir.