Bakır Stresi Altında Escherichia Coli W3110’da yfhA/K Mutantlarında Sitoplazmik ve Membran Protein Profillerinin Belirlenmesi

Abstract

Cu oldukça etkili antimikrobiyal özelliği olan metallerden birisidir. Bu metale karşı bakterilerin korunma mekanizmalarının açığa çıkarılması oldukça önemlidir. Bu çalışmada yfhA-K iki bileşikli fosforlama sistemlerinin Cu metali varlığında rolleri ve protein profillerinde meydana getirdiği değişim analiz edilmiştir. 2/MİK Cu varlığında büyütülen bakteri örnekleri toplanarak hem sitoplazmik hemde membran protein profillerinde meydana gelen değişimler 2D PAGE metodu ile tespit edilmeye çalışmıştır. Sonuç olarak Cu ın MİK değeri (1.25 mg/ml) yabani tip ve mutantlarda aynı olduğu ve sidal bir etkisi olduğu belirlenmiştir. Büyüme açısından da yfhA-K mutanlarının yabani tipten farklı bir büyüme göstermediği tespit edilmiştir. 10 kat değişen 28 adet azalan 5 adet artan protein spotu belirlenmiştir. 520 protein 2 kat azalmışken 125 protein ise 2 kat artış göstermiştir. yfhA mutantının Cu ilave edildiğinde 100 kat değişim gösteren 7 protein spotu bulunurken yfhK mutantında 5 proteinin 100 katlık artışı tespit edilmiştir. En az 10 kat arttığı tespit edilen yfhA mutantta 94 spot, yfhK mutantta ise 99 spot belirlenmiştir. Ayrıca her iki mutantta en az 10 kat azaldığı belirlenen yfhA mutantta 28, yfhK mutantta ise 16 protein bulunmaktadır. Membran proteinlerinin de yfhA mutantta 100 kat azaln 3 protein spotu, yfhK mutantta ise 15 protein spotu belirlenirken artan bir spot görülmemiştir. Aynı şekilde en az 10 kat artan proteinlerin sayısı yfhA mutantta 5 iken yfhK mtantta 8 adettir. Ancak azalan protein spot syaıları ise yfhA mutantta 112 iken yfhK mutantta 429 protein spotu belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre YfhA-K iki bileşikli fosforlama sisteminin Cu stresinde çeşitli proteinlerin regülasyonunda rolleri olduğu belirlenmiştir. Burada dikkat çeken proteinlerin neler olduğu kütle spektrometresi ile analiz edildikten sonra belirlenecektir.

Cu is one of the metals with highly effective antimicrobial properties. It is very important to reveal the protection mechanisms of bacteria against this metal. In this study, the roles of yfhA-K two-compound phosphorylation systems in the presence of Cu metal and the change in protein profiles were analyzed. By collecting the grown bacteria samples, the changes in both cytoplasmic and membrane protein profiles were tried to be determined by 2D PAGE method. As a result, it was determined that the MIC value of Cu (1.25 mg / ml) was the same in wild type and mutants and it had a cidal effect. In terms of growth, it was determined that yfhA-K mutants did not show a different growth than wild type. In wild-type E. coli W3110, 28 decreasing 5 increasing protein spots with at least 10 fold varying degrees were detected. 520 protein decreased at least 2 times, while 125 protein increased at least 2 times. While yfhA mutant had 7 protein spots that changed 100-fold when Cu was added, a 100-fold increase of 5 proteins was detected in the yfhK mutant. 94 spots were determined in the yfhA mutant, which was found to increase at least 10 times, and 99 spots in the yfhK mutant. In addition, there were 28 proteins in the yfhA mutant and 16 proteins in the yfhK mutant, which was determined to be at least 10-fold reduced in both mutants. While 3 protein spots of membrane proteins decrease 100 times in yfhA mutant and 15 protein spots in yfhK mutant, no increasing spot was observed. Likewise, the number of proteins that increased at least 10-fold was 5 in the yfhA mutant and 8 in the yfhK mutant. However, while decreasing protein spots were 112 in the yfhA mutant, 429 protein spots were detected in the yfhK mutant. According to the results, it was determined that the YfhA-K two-compound phosphorylation system has roles in the regulation of various proteins in Cu stress. Here, the prominent proteins will be determined after analyzing by mass spectrometry.