Nükleer faktör Kappa B 1 Geninde 94 pozisyonda ATTG ve 561 Pozisyonda A C Polimorfizminin Meme Kanseri Hastalarında Araştırılması

Abstract

1.Giriş Nükleer faktör kappa B1 (NFĸB1), 50kDA DNA bağlanma proteinini kodlayan, 4. Kromozom q24 bölgesinde yer alan, birden fazla fenotipik özelliği etkileyen önemli bir transkripsiyon faktörüdür. Meme kanserine sahip bireylerde yatkınlığa neden olan bazı genler vardır. Bu genlerde belirlenen farklı tek nükleotid polimorfizmleri(SNP) ile hastaların yatkınlık dereceleri ve tedaviye yanıt durumlarının farklılığı ortaya konulabilir. NFĸB1 geninin; meme kanseri, kolerektal kanser, hepatosellüler karsinoma, akciğer kanseri gibi bazı kanser tipleri ile ilişkisinin varlığı ortaya konmuştur. NFĸB1 geninin 94. pozisyonunda ATTG polimorfizmi ile yapılan bir çalışma osteosarkom ile ilişkili bulunurken başka bir çalışma da NFĸB1 ve NFĸB1A kombinasyonu over kanseri ile ilişkililendirilmiştir. Amacımız daha önce çalışılmamış olan NFĸB1 94 ATTG polimorfizminin meme kanser ile olan ilişkisini bulmak ve bu NFĸB1 geninin diğer kanserlerde çalışılan ancak meme kanserinde araştırılmayan PstI-HF enzimi ile kesim sonucu A/C polimorfizminin var olup olmadığının belirlenmesidir. 2. Gereçler ve Yöntemler Çalışmada kullanılan hasta örnekleri Bağcılar Araştırma ve Uygulama Hastanesi Patoloji Anabilim Dalından meme kanser tanısı alan yaş aralığı 32-76 olan 22 meme kanseri hastadan alınmıştır. (Bağcılar Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Girişimsel Olmayan Araştırmalar Etik Kurulu, Etik Kurul Karar Numarası: 2012/37). Parafine gömülü gelen dokulara önce deparafinizasyon işlemi uygulanmıştır. Deparafinize edilen dokulardan genomik DNA izolasyonu yapılmıştır. NFĸB1 94 ATTG polimorfizmi ve NFĸB1 S128R(A561C) polimorfizmi için özgün primerler ile PCR tabanlı amplifikasyon sağlanmıştır. PCR ürünleri sırasıyla PfıMI ve Pst1-HF enzimleri ile RFLP yöntemine uygun olarak kesilmiştir. Daha sonra % 3’lük agaroz jelde 90V da 1.15 saat yürütülmüştür. 3. Bulgular Sonuçlar UV ışık altında jel dökümünatasyon sistemi ile değerlendirildi. NFĸB1 94 ATTG geninin PCR sonucu 281 bç uzunluğunda bant elde edildi. PfıMI enzim kesim sonucu ins(insersiyon/del(delesyon) genotipini temsil eden 281bç, 240bç ve 45bç lik bantlar gözlemlendi. NFĸB1 S128R polimorfizminin PCR sonucunda ise 281 bç’lik bantlar elde edilmiştir. Pst1-HF enzimi ile kesim sonucunda ise gen bölgesi kesime uğramamış ve yine 281 bç uzunluğunda bantlar gözlemlendi. 4. Sonuç ve Tartışma Daha önceki çalışmalarda NFĸB1 geni meme kanser riski ile çalışılmıştır. Ancak ilk kez çalışılan NFĸB1 94 ATTG polimorfizminin meme kanser riski ile araştırılması ve NFĸB1 geninde S128R polimorfizminin Pst1-HF enzimi ile kesimi ilk kez denenmiştir. PfıMI enzim kesim sonucu hastaların % 86'sında ins/del genotipini temsil eden bantlar görülmüş ve %14'nde del/del genotipini temsil eden 240 bç ve 45 bç'lik bantlar görülmüştür. Bu sonuçlar ins/del genotipine sahip bireylerin meme kanser riski ile ilişkili olabileceği ortaya konmuştur. Pst1-HF enzim kesim sonucu bu gende incelediğmiz tüm örneklerde 561. pozisyonda A/C değişiminin olmadığını ve bu polimorfizmin meme kanser riski ile ilişkili olmadığı bulunmuştur. Çalışmamızda hasta sayısı arttırılarak literatüre daha kesin sonuçlar ile katkıda bulunulabilir.